A carta do senador Flávio Bolsonaro (PL) dirigida aos eleitores, na qual contesta o resultado do segundo turno e afirma ter havido fraude sem apresentar provas, provocou reações negativas dentro da cúpula do próprio partido e entre setores aliados. O documento também motivou resposta da Justiça Eleitoral, que rebateu as dúvidas levantadas sobre a lisura do processo. Até mesmo correligionários como o governador Tarcísio de Freitas (Republicanos) e o presidente nacional do PL, Valdemar Costa Neto, saíram em defesa do resultado que deu vitória ao presidente Luiz Inácio Lula da Silva (PT).
Na primeira versão do texto, Flávio chegou a se declarar "o verdadeiro presidente eleito do Brasil". Minutos depois, apagou a publicação e divulgou uma nova versão, sem a frase, na qual se apresentava como "líder" do país. A Justiça Eleitoral informou que qualquer cidadão pode baixar os arquivos das urnas eletrônicas e auditar os resultados. Segundo o órgão, os Boletins de Urna, o Registro Digital do Voto e os registros de funcionamento de cada equipamento estão disponíveis ao público, com informações como horários de início e encerramento da votação e o número de eleitores que compareceram.
O presidente do Tribunal Superior Eleitoral (TSE), ministro Kassio Nunes Marques, afirmou em nota que as eleições "transcorreram dentro da mais absoluta normalidade e com respeito aos ditames legais e constitucionais". O ministro destacou o compromisso da Justiça Eleitoral com a "vontade soberana do eleitorado" e ressaltou que o resultado foi apurado e divulgado com segurança.
Tarcísio de Freitas foi um dos primeiros a se manifestar. Em nota, disse que a oposição deve respeitar o resultado das eleições e atuar dentro das instituições democráticas. O governador afirmou compreender a indignação de Flávio e destacou que esse sentimento é compartilhado por parte dos brasileiros. "A eleição acabou e agora é preciso olhar para a frente. Entendo o sentimento de Flávio, entendo sua indignação e sua revolta, e esse sentimento é o de muitos brasileiros também. Mas o caminho é respeitar o resultado das urnas e seguir em frente", declarou. Para Tarcísio, o momento exige "responsabilidade, serenidade e a construção de uma oposição forte", e a atuação dos oposicionistas deve ocorrer dentro das instituições, de modo a fortalecer o sistema de freios e contrapesos da democracia.
Outro a discordar do teor da carta foi Rogério Marinho (PL-RN), coordenador da campanha de Flávio e líder da oposição no Senado. Ele afirmou que não é possível sustentar, sem provas, que as eleições tenham sido fraudadas. Após a divulgação da carta, o União Brasil, que havia apoiado Flávio no segundo turno, publicou nota na qual reconheceu que o processo eleitoral "transcorreu com lisura" e que seu resultado deve ser respeitado. A Federação União Progressista, formada pelo União Brasil e pelo Progressistas (PP), já havia se posicionado pelo reconhecimento do resultado eleitoral. O presidente do União Brasil, Antônio Rueda, afirmou que "a soberania".
